No ME1, o vendedor trabalha com sua própria logística para enviar os produtos, escolhendo a transportadora que fará os envios. Já no ME2 o Mercado Livre gera a etiqueta e o vendedor deve imprimir e despachar a encomenda.

Além disso, o ME2 possui diferentes modos de envio que você pode entender, clicando aqui.

Para escolher entre eles, veja qual tem as características que você deseja. A indicação é utilizar o ME2 para produtos que podem ser enviados pelos Correios, do contrário o ME1 é mais indicado.